Органи на управление на ДП „Пристанищна инфраструктура" са:
1. Министър на транспорта, информационните технологии и съобщенията
2. Управителен съвет:
- Председател на УС – Георги Тодоров
- Заместник-председател на УС – Владимир Тодоров
- Член на УС – Ангел Забуртов
3. Генерален директор – Ангел Забуртов
4. Заместник генерален директор – Александър Александров
Дейността на Управителния съвет на предприятието се подпомага от Стопански съвет, който се състои от директорите на клоновете-териториални поделения на предприятието и директора на дирекция "Инфраструктура, акватория и собственост" в ДППИ.