Органи на управление на ДП „Пристанищна инфраструктура” са:
1. Министър на транспорта и съобщенията
2. Управителен съвет:
- Председател на УС – Димитър Симеонов
- Зам.-председател на УС – Петър Сеферов
- Член на УС – к.д.п. Георги Събев
3. Генерален директор – к.д.п. Георги Събев
4. Заместник генерален директор – инж. Николай Найденов
Дейността на Управителния съвет на предприятието се подпомага от Стопански съвет, който се състои от директорите на клоновете – териториални поделения на предприятието и директора на дирекция „Инфраструктура, акватория и собственост” в ДППИ.