Органи на управление на ДП „Пристанищна инфраструктура” са:
1. Министър на транспорта, информационните технологии и съобщенията
2. Управителен съвет:
- Председател на УС – Георги Димитров
- Зам.-председател на УС – Ивайло Иванов
- Член на УС – Добромир Янев
3. Генерален директор – Добромир Янев
4. Заместник генерален директор – Николай Найденов
Дейността на Управителния съвет на предприятието се подпомага от Стопански съвет, който се състои от директорите на клоновете – териториални поделения на предприятието и директора на дирекция „Инфраструктура, акватория и собственост” в ДППИ.