Органи на управление на ДП „Пристанищна инфраструктура” са:
1. Министър на транспорта и съобщенията
2. Управителен съвет:
- Председател на УС – Йордан Георгиев
- Зам.-председател на УС – Станислав Йорданов
- Член на УС – Ивайло Иванов
Управителният съвет е в състав: г-н Йордан Георгиев, г-н Станислав Йорданов и г-н Ивайло Иванов.
Г-н Ивайло Иванов е назначен за генерален директор на ДППИ със заповед на министъра на транспорта и съобщенията след провеждането на конкурсна процедура. Г-н Иванов притежава бакалавърска степен по „Публична администрация“ и магистърска степен по „Финанси“ от Бургаския свободен университет и магистърска степен по специалност „Защита на националната сигурност, международно морско право и управление на риска“ от Варненския свободен университет. Г-н Ивайло Иванов има дългогодишен опит в ДП „Пристанищна инфраструктура“ като директор на Клон – териториално поделение „Пристанище Бургас“ и член на Управителния съвет на ДППИ.
3. Генерален директор – Ивайло Иванов
4. Заместник генерален директор администрация – Стела Атанасова
5. Заместник генерален директор оперативна дейност – Иван Вълков
Дейността на Управителния съвет на предприятието се подпомага от Стопански съвет, който се състои от директорите на Клоновете – териториални поделения на предприятието и директора на дирекция „Инфраструктура, акватория и собственост” в ДППИ.